开发区、房地产行业以及钢铁电解铝水泥等固定资产投资项目的过快发展发生了大量占用耕地的情况。鉴于此，2003年11月，国土资源部下发《关于进一步采取措施落实严格保护耕地制度的通知》(国土资发[2003]388号)，进一步严格实施土地利用规划和计划，从严控制用地规模。
我国有关耕地保护的文件与政策
文件的核心就是“三个不报批、一个从严”，即凡是不在土地利用总体规划确定的建设用地范围内的各类开发区(园区)和城市建设用地，一律不报批;凡是没有土地利用年度计划指标的，一律不报批;凡是没有通过建设项目用地预审的，一律不报批。从严审查城市总体规划修编确定的建设用地总规模，超过土地利用总体规划确定的建设用地总规模的，不予通过审查，严格控制规划修改和调整，严禁擅自修改和调整规划。
严格执行基本农田保护制度：一是不准除法律规定的国家重点建设项目之外的非农建设占用基本农田;二是不准以退耕还林为名，将平原(平坝)地区耕作条件良好的基本农田纳入退耕范围，违反土地利用总体规划随意减少基本农田面积;三是不准占用基本农田进行植树造林，发展林果业;四是不准以农业结构调整为名，在基本农田内挖塘养鱼和进行畜禽养殖，以及其他严重破坏耕作层的生产经营活动;五是不准占用基本农田进行绿色通道和绿化隔离带建设。
同时，针对地方政府违规下放建设项目用地审批权，要求严把建设用地审批关，对新的非农建设用地项目实行“六不报批”政策：即对土地市场秩序治理整顿工作验收不合格的不报批;未按规定执行建设用地备案制度的不报批;城市规模已经达到或突破土地利用总体规划确定的建设用地规模，年度建设用地指标已用完的不报批;已批准的城市建设用地仍有闲置的不报批;未按国家有关规定进行建设用地预审的不报批;建设项目不符合国家产业政策的不报批。
加强批后实施监管，将各类开发区违反土地利用总体规划用地的行为，作为治理整顿和执法监察的重点。对被撤销停办的开发区(园区)，坚决依法收回并及时处置其所占用的土地;对应该核减面积的开发区，要坚决核减面积;对整改后确需要保留的开发区(园区)用地，要严格审核，从严控制用地规模。对开发区(园区)违反土地利用总体规划圈占、圈而未用的土地，要限期复耕或者恢复原用途;对已经开发建设而不能复耕或恢复原用途的，从所在区域土地利用总体规划剩余建设用地指标中核减违反土地利用总体规划占用的建设用地指标。对开发区(园区)已经依法批准但由于建设条件、项目资金不落实等尚未开发建设的，要抓紧依法收回土地。
五部委联合组成10个督查组，对全国31个省(区、市)土地市场秩序治理整顿工作进行全面督查。到2003年年底，土地市场秩序治理整顿取得重要成果：各地停止审批设立新的开发区和开发区扩区;查清原有各类开发区6015个，已撤销3763个;各地发现土地违法行为17.8万件，立案查处12.7万件，结案12.4万件，罚没款12.2亿元，收回土地面积5878.4公顷。有925人被依法给予党纪政纪处分，132人被依法追究刑事责任;排查出违规出让经营性土地使用权2822宗，有效规范了现有土地使用权出让行为。
2004年3月30日，作为土地市场治理整顿的一个重要内容，国土资源部和监察部联合下发了《关于继续开展经营性土地使用权招标、拍卖或者挂牌出让隋况执法监察工作的通知》(国土资发[2004]71号)，要求各地继续做好经营性土地使用权招标、拍卖或者挂牌出让执法监察工作，全面推行并严格执行经营性土地招标、拍卖或者挂牌出让制度，建立健全具体制度和操作规范，认真纠正和严肃查处土地出让中违规操作的问题和违纪违法行为。在这个文件中，明确了2002年7月1日《招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规定》(国土资源部令第11号)实施后协议出让土地中的历史遗留问题必须在2004年8月31日之前处理完毕，否则土地管理部门有权收回土地。侧重从监督检查和对违法案件的查处角度推进落实经营性土地招标、拍卖或者挂牌出让制度。
针对一些地方政府和部门规避法定的农用地转用和土地征收审批及缴纳有关税费，“以租代征”，即通过租用农民集体土地进行非农业建设，擅自扩大建设用地规模，不落实耕地占补平衡法定义务，干扰建设用地管理秩序的状况。2005年8月22日，国土资源部下发了《关于坚决制止“以租代征”违法违规用地行为的紧急通知》(国土资发[2005]166号)，要求用于农林开发的农民集体土地不得擅自改变土地用途，将农用地转为非农业建设用地。
对于进行农民集体建设用地流转试点和征地制度改革试点只限定在试点地区。以转让、出租、作价人股等方式进行农民集体建设用地流转试点的，必须是已经依法批准为建设用地的农民集体所有土地;必须符合土地利用总体规划及城市(村庄和集镇)规划;必须按规定经农村集体经济组织和农民的同意;必须按规定签订流转合同，报县级以上国土资源部门批准后，办理土地变更登记手续。
