3月1日，为进一步加强新农合基金管理，提高基金使用效率和参合人员受益水平，推进新农合制度建设，内蒙古自治区卫生计生委出台《关于新型农村牧区合作医疗补偿方案的指导意见》，要全面实行大病保险一站式报销制度。
，新农合个人缴费标准不低于120元，各级财政按照国家和自治区要求及时足额安排补助资金。新农合基金只能用于参合农牧民医药费用的补偿和为参合农牧民购买大病保险，不得用于经办机构工作经费等。新农合基金划分为住院统筹基金、门诊统筹基金（含一般诊疗费支付资金）、大病保险基金和风险基金。
参合患者在盟市内所有定点医疗机构出院全部实行即时结报，鼓励各地在盟市以外设立定点医疗机构，逐步实现跨盟市即时结报，大力推进跨省就医即时结报；全面实行大病保险一站式报销制度；合理制定补偿方案，坚持住院医疗费用补助为主，重点提高住院患者和大病保险的实际报销比例；拉开不同级别医疗机构的起付线和补偿比例，合理分流病人，引导患者到基层医疗机构就诊。
《关于新型农村牧区合作医疗补偿方案的指导意见》规定，住院补偿标准：苏木乡镇卫生院，起付线150元，补偿比例100%；旗县二级以下医院（含二级），起付线400元，补偿比例85%；旗县三级医院，起付线600元，补偿比例80%；盟市（Ⅰ类）二级以下医院（含二级），起付线600元，补偿比例75%；盟市（Ⅱ类）三级医院，起付线1000元，补偿比例65%；自治区级三级医院，起付线1500元，补偿比例65%；自治区外医院，起付线2000元，补偿比例55%。
参合人员年度内在同级别医疗机构第二次及以上住院的，应降低起付线50%；在县级及以上中蒙医医院住院治疗的，应降低起付线50%。对同时具备享受两项降低起付线政策的，只能享受最高级别的一项优惠政策。建档立卡贫困人口在各级定点医疗机构住院，起付线降低50%，报销比例提高5个百分点。建档立卡贫困人口年度内在同级别医疗机构第二次及以上住院的，取消起付线。各盟市可根据基金收支状况和医疗消费水平对当地补偿比例和起付线进行适当调整。自治区级定点医疗机构要执行全区统一的住院起付线和补偿比例。
同时，全面开展大病保险工作，通过购买商业保险的方式对符合大病标准的大额医药费用给予补偿，大病保险筹资标准不低于30元。大病保险报销政策要向贫困人群倾斜，降低或取消建档立卡贫困人口大病保险起付线，分段报销比例每段提高5个百分点左右。
