南京中医药大学始建于1954年，历经江苏省中医进修学校、江苏省中医学校、南京中医学院、江苏新医学院、南京中医学院等历史时期，是全国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省重点建设高校，也是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校。建校62年来，南京中医药大学为新中国高等中医药教育培养输送了第一批师资、主持编写了第一套教材和教学大纲，诞生了新中国中医药界最早的学部委员，为新中国中医高等教育模式的确立和推广做出了重要贡献，被誉为“中国高等中医教育的摇篮”。
学校坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的古都南京，拥有仙林和汉中门两个校区。现有各类在校生近2万名，设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院（江苏省中西医结合医院）、医学与生命科学学院、药学院、卫生经济管理学院、护理学院、外国语学院、国际教育学院、信息技术学院、心理学院、国际经方学院、整合医学学院、研究生院、继续教育学院、人文与政治教育学院等教学机构，有28个本科专业，涉及医、管、理、工、经、文6个学科门类，初步形成了以中医药为主体、中西医结合、多学科为支撑协调发展的办学格局。
学校现有国家一级重点学科1个，国家二级重点学科2个，国家重点（培育）学科2个；江苏高校优势学科建设工程二期项目立项学科2个、重点序列学科2个；国家中医药管理局中医药重点学科33个。临床医学、药理学与毒理学2个学科进入ESI全球排名前1%。学校是全国首批具有硕士学位、博士学位授权的单位之一。现拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士一级学位点，学位点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，具有博士生导师自审权和主干学科专业的教授评审权。
学校坚持以学生为中心，着力推进9年本博一贯制和“5+3”一体化中医拔尖人才培养模式改革，入选国家“卓越医生（中医）教育培养计划改革”首批试点高校。现有卓越医生（中医）教育培养计划改革试点项目3个，国家级特色专业建设点5个，国家级专业综合改革试点项目2个，国家级精品资源共享课程6门，国家级教学团队2个，国家级人才培养模式创新实验区1个，国家级实验教学示范中心3个，国家级大学生校外实践教育基地1个，国家级规划教材（主编）33部，国家级教学成果4项。建设有南京中医药大学附属医院（江苏省中医院）、南京中医药大学第二附属医院（江苏省第二中医院）、南京中医药大学附属南京八一医院（中国人民解放军第八一医院）等3家直属附属医院、25所非直属附属医院、4所中西医结合临床医学院和1所附属药业，各类教学及毕业实习基地逾百所。
学校科研实力雄厚，现有国家发改委工程研究中心1个，教育部重点实验室1个，教育部工程研究中心1个，江苏省重点实验室2个，江苏省工程研究中心（工程实验室）6个，江苏省高校重点实验室4个，江苏省海洋重点实验室1个，江苏高校哲学社会科学重点研究基地1个，国家中医药管理局重点研究室4个，国家技术转移示范中心1个，是国务院和文化部首批命名的“全国古籍重点保护单位”，是中国中医药文献信息检索中心南京分中心。近年来，学校科研工作成绩显著，先后获国家科学技术进步奖二等奖2项，度国家自然科学基金资助立项总数挺进全国高校百强行列，项目经费总额名列全国中医药院校第一。学校主办的中国中文核心学术期刊《南京中医药大学学报》，入选中国高校百佳科技期刊。
学校治学严谨，学术氛围浓厚，名家云集，人才辈出，是全国中医师资进修教育基地。拥有国医大师5人，双聘院士2人，“*”特聘教授1人，国家杰出青年科学基金获得者5人，国务院学科评议组成员3人，国家“973计划”项目首席科学家1人，百千万工程国家级人选5人，国务院政府特殊津贴获得者53人，国家有突出贡献中青年专家1人，国家教学名师2人，全国模范教师1人，全国优秀教师6人，国家自然科学基金优秀青年基金1人，江苏省特聘教授9人，白求恩奖章获得者2人，何梁何利基金科学与技术创新奖获得者1人，形成了一支在全国中医药院校中领先的高水平教师队伍。
学校是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心，是国家教育部批准接受和培养外国留学生及台港澳地区学生的首批高等中医药院校之一。1993年学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学合作开办中医学专业，首开我国与西方正规大学合作开展中医学历教育先河。学校着力通过海外孔子学院和中医中心，推动中医药海外传播。2010年6月20日，学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学合作建立了全球首家中医孔子学院，*同志出席了揭牌仪式并发表重要讲话。学校目前与世界90多个国家和地区有着广泛交流和联系，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系，具有较高的国际声誉和影响力，已建成英国、瑞士和澳大利亚3个国际中医中心。
在长期的办学实践中，学校秉承“自信敬业”的校训、“团结奋进、继承创新”的校风、“仁德、仁术、仁人”的教育理念，彰显特色，追求卓越，各项事业快速发展，学校以优异的成绩顺利通过本科教学工作审核评估和中医学、中药学专业认证，《2016中国大学评价》排名位居全国中医药院校之首。面向未来，学校将继续深化体制机制改革，大力实施“人才强校、质量兴校”战略，坚持特色发展，加强内涵建设，积极创建“国际著名、国内一流”的中医药大学，努力跻身于全国具有鲜明特色的高水平大学行列。
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